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I batteri eterotrofi neutrofili e acidofili costituiscono la maggior parte delle specie di batteri. I termini "neutrofilo" e "acidofilo" indicano il livello ottimale di pH delle specie batteriche - una misura dell'acidità o della basicità di una sostanza. Ad esempio, l'aceto misura come acido e il bicarbonato di sodio come base. La scala del pH varia da 0 a 14, con 7, il pH dell'acqua pura, proprio nel mezzo.
Eterotrofi neutrofili
La maggior parte dei batteri, dei neutrofili, vive nel suolo o nell'acqua e cresce meglio a un pH neutro tra 6 e 8. Se il pH varia troppo al di fuori di questo intervallo, i batteri neutrofili non possono sopravvivere. La maggior parte dei batteri che causano malattie nell'uomo sono anche eterotrofi neutrofili, adatti per sopravvivere all'interno di un corpo umano.
Eterotrofi acidofili
I batteri acidofili crescono meglio a livelli di pH più bassi, di solito con un pH di 6, poiché hanno meccanismi biologici che consentono loro di mantenere il loro pH interno quasi neutro. Il drenaggio della miniera acida - il deflusso contaminato e altamente acido dalle aree minerarie - contiene un'alta popolazione di acidofili che ossidano il solfuro presente nei minerali metallici. Secondo il Science Resource Center del Carleton College, il ferroplasma acidofilo trovato nel drenaggio delle miniere di acido presentava livelli di pH bassi come zero.
Eterotrofi acidofili
Gli acidofili obbligatori richiedono un pH basso, inferiore a 4 o 5, per sopravvivere. La membrana cellulare degli acidofili obbligati si dissolve effettivamente a livelli di pH neutri, causando la morte cellulare. Molti acidofili obbligati sono anche termofili - organismi che crescono meglio alle alte temperature - e che si trovano comunemente nei terreni vulcanici. Il ferrooxidano di tiobacillo è probabilmente il batterio acidofilo ferro ossidante più studiato.