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Nel diciannovesimo secolo, la tassonomia - la classificazione degli organismi viventi - era di gran moda in biologia. Sia i naturalisti dilettanti che quelli professionisti erano così presi dalla mania di collezionare e identificare creature, rari coleotteri erano prodotti caldi. All'epoca si sapeva poco dei microrganismi e del loro posto nel mondo degli esseri viventi, e la classificazione della microbiologia non riceveva la stessa attenzione. I decenni successivi hanno visto un drammatico aumento della conoscenza dei microbi e dei metodi di identificazione dei microrganismi, con parte di tale aumento dimostrato dall'efficace classificazione dei microrganismi.
Componenti della tassonomia
La tassonomia ha tre componenti: nomenclatura, classificazione e identificazione. La nomenclatura sta semplicemente assegnando un nome a una specie. La classificazione raggruppa le specie in base a caratteristiche condivise, alcune delle quali fisiche e altre biochimiche. L'identificazione sta usando le caratteristiche di un organismo per determinare dove appartiene a uno schema di classificazione. Il moderno schema tassonomico ha come domini il suo gruppo più ampio e inclusivo. Il gruppo più piccolo è la specie. Dal più inclusivo al più specifico, i livelli scorrono in questo modo: dominio, regno, phylum, classe, ordine, famiglia, genere e specie. Tu, per esempio, sei Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Microrganismi e domini
I microrganismi sono estremamente diversi. Non sono definiti da alcun tipo particolare di struttura o funzione, ma semplicemente dalla loro dimensione. I microrganismi sono così diversi che rientrano in tutte e tre le diverse classificazioni di alto livello - tutti e tre i domini. Un dominio è costituito da batteri, l'altro è archaea e il finale è eucari. Tutti i membri dei domini dei batteri e degli archaea sono microrganismi monocellulari. Sono entrambe le cellule senza membrane che separano il loro materiale genetico dal resto delle cellule - membrane che definiscono un nucleo. Quindi tutti i regni, i phyla, le classi, gli ordini, le famiglie, i generi e le specie all'interno dei domini dei batteri e degli archaea sono microrganismi.
Protisti unicellulari
Gli eucari sono organismi le cui cellule contengono un nucleo. Molti organismi eucariotici sono microrganismi monocellulari, ma molti altri - come alberi di sequoia o te - non lo sono. Quindi sono necessarie ulteriori classificazioni. Il regno Protista all'interno del dominio Eukarya è composto solo da microrganismi monocellulari. I protisti sono divisi in tre diversi gruppi di phyla: quattro diverse alghe phyla, quattro diversi protozoi phyla e due diversi phyla muffa. Ma tutti gli organismi all'interno di questi phyla - tutti all'interno del regno Protista - sono microrganismi.
Funghi microscopici
Il regno dei funghi è contenuto nel dominio Eukarya. Alcuni dei phyla all'interno dei funghi contengono microrganismi. Ad esempio, il phylum Zygomycota contiene microscopici stampi da pane e il phylum Ascomycota contiene lieviti e parassiti e parassiti delle colture microbiche. I licheni sono un'assemblea simbiotica di un fungo e un organismo fotosintetico - contenuti in parte nei funghi del regno e in parte in altri regni, o anche in altri domini.